Absence injustifiée vs congé : quelles obligations pour l'employeur

Pour un arrêt de travail (maladie), l'article R321-2 du Code de la sécurité sociale impose au salarié de transmettre son avis d'arrêt à l'employeur et à sa caisse d'assurance maladie dans un délai de 48 heures. Ce même délai encadre aussi les prolongations d'arrêt.

Tant que ce délai n'est pas écoulé, une absence n'a pas de raison d'être qualifiée d'injustifiée — le salarié est simplement dans les temps. C'est seulement une fois ce délai dépassé, sans justificatif ni nouvelles, que la situation bascule et que l'employeur peut légitimement s'interroger.

Face à une absence sans justificatif ni accord préalable, la première étape n'est pas la sanction mais la mise en demeure : l'employeur invite le salarié, généralement par lettre recommandée, à reprendre le travail ou à fournir les explications/justificatifs attendus. C'est seulement l'absence de réponse à cette étape qui ouvre la voie à une procédure disciplinaire.

Sur le plan de la paie, l'absence de justificatif valable autorise une retenue sur salaire proportionnelle au temps non travaillé — logique directe du contrat de travail (pas de travail effectué, pas de rémunération due pour cette période), indépendamment de toute sanction disciplinaire.

Si l'absence injustifiée débouche sur une sanction disciplinaire (avertissement, mise à pied, voire licenciement pour faute grave selon la gravité et la répétition), l'employeur est encadré par l'article L1332-4 du Code du travail : aucun fait fautif ne peut donner lieu à des poursuites disciplinaires au-delà d'un délai de deux mois à compter du jour où l'employeur en a eu connaissance.

Ce délai court à partir du moment où l'employeur a une connaissance exacte de la réalité, de la nature et de l'ampleur des faits — pas depuis le premier jour d'absence si l'employeur n'avait pas encore tous les éléments. Passé ce délai, le fait est prescrit : il ne peut plus, à lui seul, justifier une sanction.

Le congé — payé, sans solde, ou tout autre congé prévu par le Code du travail ou une convention collective — se distingue radicalement des deux autres cas : il est connu et accepté par l'employeur avant le départ du salarié. Il n'y a donc, par construction, ni justificatif à produire après coup, ni délai de 48 heures à respecter, ni risque disciplinaire.

La confusion vient souvent d'un salarié qui « prévient » son employeur au dernier moment pour une absence non planifiée, en pensant que cette information orale suffit à transformer son absence en congé accepté — ce n'est pas le cas tant qu'un accord explicite n'a pas été donné.